Prix
- 2007 : prix des Droits de l’homme de la République française10
- 2008 :
- 2010 : prix Van Goedart (Pays-Bas)
- 2011 :
- Clinton Global Citizen Award (prix de la fondation Clinton)1,10
- prix Jean-Rey
- prix international Roi Baudouin pour le développement
- prix de la paix de la ville d’Ypres
- German Media Prize
- 2013 :
- Grand prix de la fondation Chirac pour la prévention des conflits14.
- prix Nobel alternatif (prix Right Livelihood)
- 2014 :
- Hillary Clinton Award, décerné par le GIWPS (Georgetown Institute for Women, Peace and Security)10
- Inamori Prize for Ethics (Japon – États-Unis)15
- prix Primo Levi (Italie)16
- prix Solidarité du CHU Saint-Pierre et Médecins du Monde (Belgique)10
- prix Sakharov17, remis au Parlement européen lors d‘une séance solennelle18
- médaille de l’Académie royale des sciences d’outre-mer (Belgique)
- 2016 :
- prix « Héros pour l’Afrique », accompagné d’un chèque de 100 000 euros, remis au Parlement européen par la Fondation pour l’égalité des chances en Afrique19
- prix Renfield de l’université de Pennsylvanie (États-Unis), accompagné d’un chèque de 100 000 dollars20
- prix des Quatre Libertés, décerné par la Fondation Franklin Delano-Roosevelt pour la Liberté de Vivre à l’Abri du Besoin, remis en présence du roi Willem-Alexander des Pays-Bas, de la reine Màxima, et de la princesse Beatrix
- 2017 : prix Grand Témoin de La France Mutualiste, décerné par le Jury Junior pour son livre Plaidoyer pour la vie. Le thème de l’année était : « L’engagement citoyen, héros d’aujourd’hui »
- 2018 : prix Nobel de la paixa, colauréat avec l’Irakienne Nadia Murad21.
Distinctions universitaires
- 2010 : docteur honoris causa de l’université d’Umeå (Suède).
- 2010 : médaille Wallenberg de l’université du Michigan22.
- 2014 : docteur honoris causa de l’université catholique de Louvain (UCLouvain), qui met en avant son « anticonformisme porté par des valeurs de liberté, respect et audace »23.
- 2015 : docteur honoris causa de l’université Harvard24.
- 2018 : docteur honoris causa de l’université d’Angers25.
- 2018 : docteur honoris causa de l’université de Liège26 (ULiège).
- 2019 : docteur honoris causa de l’Université de Pennsylvanie 27 (UPenn)
- 2019 : docteur honoris causa de l’Université nouvelle de Lisbonne 28 (Nova)
- 2019 : docteur honoris causa de l’Université de Montréal 29 (udeM)
Autres hommages

Denis Mukwege aux côtés de Jill Biden, épouse du vice-président des États-UnisJoe Biden, en 2014.
- 2009 : élu « Africain de l’année 2008 » par le journal nigérian Daily Trust30.
- La promotion 2014-2016 des directeurs d’hôpital de l’École des hautes études en santé publique (Rennes) porte son nom et il en est le parrain31.
- 2012 : le Groupe de Recherche et d’Information sur la Paix édite le livre « L’homme qui répare les femmes »32 de Colette Braeckman. Sa réédition par le GRIP quelques années plus tard sera caractérisée par une nouvelle page de couverture et l’ajout de deux chapitres inédits sur son combat.
- 2016 : 35e personnalité la plus influente du monde en 2016 d’après le magazine Fortune33.
- 2017 : le rappeur Médine sort un album intitulé Prose Élite dans lequel il lui consacre une chanson : « L’Homme qui répare les femmes »
- 2018 : personnage secondaire de l’album de bande dessinée Kivu de Jean Van Hamme et Christophe Simon (éd. Le Lombard, coll. « Signé »)34.
L’action du docteur Mukwege pour venir en aide aux femmes violées, au moyen des opérations de chirurgie réparatrice qu’il pratique à l’hôpital de Pangi de Bukavu a fait l’objet de deux films documentaires :